После того, как в 2014 году первая часть картины превысила ожидания создателей, собрав большую кассу, Paramount и Nickelodeon дали добро на продолжение. В то же время было решено включить героев Кейси Джонса, Крэнга, Бибопа и Рокстэди в сиквел «Черепашки-ниндзя 2».

В декабре 2014 года стало известно, что в качестве режиссёра выступит Дэйв Грин, снявший приключенческий фильм «Внеземное эхо». Меган Фокс, Уилл Арнетт и Уильям Фихтнер вернулись к своим персонажам из первой части. К ним присоединились Стивен Амелл, Тайлер Перри, модель Алессандра Амброзио, несколько игроков баскетбольной команды Los Angeles Clippers.

Одна из актрис фильма Джудит Хоаг в прошлом сыграла Эйприл О’Нил в «Черепашках-Ниндзя» 1990 года. Элиас Котеас и Сэм Рокуэлл отказались от приглашения сняться в фильме.

Режиссёр сиквела Дэйв Грин был поклонником Черепашек ещё с детства. Нужно отметить, что в ленте есть много отсылок как к мультсериалу, так и к другим экранизациям истории о приключениях Микеланджело, Донателло, Леонарда и Рафаэля.

Съёмки картины стартовали в апреле 2015 года в Нью-Йорке. В мае съёмочная группа переместилась в Буффало. Процесс закончился в августе, но дополнительные сцены были досняты в январе и феврале 2016 года.

На регистрационном номере автомобиля можно прочесть: «Мираж 84». Черепашки-ниндзя впервые появились в комиксах компании «Mirage» в 1984 году.

Президент Paramount Адам Гудман: «Перезагрузка истории Черепашек-ниндзя стала ответственной задачей: мало того, что было необходимо сохранить всё лучшее, что было в ней раньше, так ещё и рассказать историю нужно принципиально новым образом. Впрочем, результаты картины в прокате превзошли все наши ожидания».