Семен Трескунов, исполняющий роль Коли Смирнова, впервые пришёл на кастинг, когда ему только исполнилось 11 лет. На тот момент он был ещё очень молод для этой роли. Но продюсерам так хотелось, чтобы роль Коли исполнил Семён, что они едва не переругались с авторами фильма. Из-за проблем с финансированием запуск фильма был отложен несколько раз. Когда инвестор, наконец, нашелся инвестор, возраст Семена подходил для сценария.

Все актёры ради съёмок в этом фильме сменили привычные для себя и зрителей амплуа: Константин Хабенский сыграл нелепого и изломанного отца Коли, бывшего спортсмена; Михаил Ефремов исполнил роль солидного и мощного директора школы; Александр Паль, известный по образу недавно отсидевшего брата главного героя, на этот раз предстал в образе тихого интеллигента.

Константин Хабенский и Михаил Ефремов в фильме играют бывших одноклассников, хотя на самом деле разница в их возрасте составляет более 8 лет.

Одной из площадок для школьных съёмок стала заброшенная спортивная школа «Старт». Школа была построена в середине XX века. На её территории находился велодром, а также проводились занятия по парусному спорту в акватории Химкинского водохранилища.

Одна из сцен была снята в небольшой квартире продюсера Василия Соловьёва. После фильма «России 88» (2009) и короткометражки «Кастинг» (2008) это была уже третья кинокартина, не считая многочисленных телепередач, которую снимали в этих стенах.

Титульная песня «Мы — Вселенная!», специально написанная для фильма, была впервые исполнена Полиной Гагариной на Красной Площади 12 июня 2016 года на концерте в честь Дня независимости России, посвящённого Году кино.

Премьера фильма «Хороший мальчик» состоялась в «Зимнем театре» в Сочи. Картина открыла показ фильмов в рамках фестиваля «Кинотавр-2016». Показ прошёл при полном аншлаге. Фильм получил награду гран-при 2016 года на фестивале «Кинотавр» в Сочи, а так же занял III место на фестивале «Окно в Европу» в Выборге.