Режиссёрами мультфильма стали Ли Анкрич и Адриан Молина. Если Адриан ранее только был сценаристом проекта «Хороший динозавр» (2015), то Ли известен как режиссёр картин «История игрушек 2» (1999), «Корпорация монстров» (2001), «В поисках Немо» (2003), «История игрушек 3» (2011, «Оскар» за «Лучший анимационный фильм»).

Рабочим названием проекта было Dia de los Muertos, или «День мёртвых» (так называется праздник, посвящённый памяти умерших, отмечается 1 и 2 ноября в Мексике, Гватемале, Никарагуа, Гондурасе, Сальвадоре).

В мультфильме на мощёных улицах Мира Мёртвых помимо булыжников можно заметить камни в форме костей. Это было придумано создателями специально для того, чтобы добавить в мультфильм загадочности.

В отличие от других работ художников студии «Pixar Animation», которые любят демонстрировать богатую растительность, в мультфильме «Тайна Коко» в Мире Мёртвых нет никаких растений кроме цветков календулы. Цветок календулы был выбран создателями не случайно. В Мексике считается, что аромат и запах этого растения помогает духам близких людей найти дорогу домой.

Пёс главного героя мультфильма Мигеля по кличке Данте был тщательно разработан художниками. Данте представляет собой пса породы «Ксолоитцкуинтли» или сокращённо «Ксоло». Собаки этой породы когда-то давно считались земными представителями ацтекского бога огня и молний, известного как «Ксолотль». Они практически лишены шерсти, и у них не хватает нескольких зубов, из-за чего язык вываливается наружу. Создатели анимационного фильма «Тайна Коко» решили сделать акцент на языке пса и показать его отдельным персонажем. Для этого им пришлось взять цифровой скелет осьминога Хэнка из мультфильма «В поисках Дори». Также художники пригласили в свою студию настоящих представителей породы «Ксоло», чтобы изучить особенности их характера и анатомии.

По словам одного из режиссёров мультфильма, сюжет анимационной ленты держится на культуре и традициях народов Мексики. «Как только мы решили, что хотим снять картину, действие которой будет разворачиваться в Мексике, мы сразу же организовали первую исследовательскую экспедицию. На протяжении трёх лет мы посещали музеи, рынки, площади, мастерские, церкви, плантации и кладбища в Мехико, Оахаке и Гуанахуато. Мы сходили на спектакль в Сочимилько. Мы пообщались со множеством милейших семей в Тлаколуле, Тиалистаке, Эль-Туле, Сан-Маркосе, Тлапазоле и Абасоло. Они принимали нас в своих домах и рассказали о своих предпочтениях в еде, о любимой музыке, а также об образе жизни и традициях. Но самое главное, мы увидели, какое важное место занимает в их сердцах семья», — отметил в одном из интервью Ли Анкрич.

Наряды всех персонажей в мультфильме от жителей Санта Сесилья до гостей-скелетов на вечеринке Эрнесто де ла Круса в Мире Мёртвых были скопированы художниками с настоящих мексиканских танцоров. Каждый образ персонажей мультфильма был тщательно проработан художниками — в особенности образ суперзвезды и певца Эрнесто де ла Круса, так как он является настоящей мировой знаменитостью. Художники постарались сделать его ярким и живым, уделяя внимание даже таким мелочам, как ямочка на подбородке и спадающий на лоб локон.

Первый тизер картины вышел 15 марта 2017 года, он представил зрителям основную концепцию фильма, подчеркнув, что он сосредоточен на музыке. Темы и образы мультфильма сравнивали с другим анимационным фильмом, у которого сюжет тоже сосредотачивался на дне мёртвых, под названием «Книга жизни» (2014). Однако, Марисса Мартинелли из журнала Slate отметила, что сюжет фильма, а также главный герой, загипнотизированный покойной фигурой, больше похож на другой мультфильм Pixar, Рататуй (2007), сравнивая персонажа Мигеля с ролью крысы Реми. Она также обратила намёк на сцену, в которой Мигель проходит через живого человека и понимает, что он больше не находится в той же области, в той же манере, что и в аниме «Унесённые призраками» (2001).

Премьера мультфильма состоялась 20 октября 2017 года на Международном кинофестивале в Морелье, Мексика.