Экранизация рассказа «Джинн в бутылке из стекла соловьиный глаз» британской писательницы Антонии Сьюзен Байатт, который был опубликован в одноименном сборнике и издан в 1994 году. В сборник также вошли рассказы «Стеклянный гроб», «История старшей принцессы», «История Годэ» и «Драконий дух», которые были основаны на народных сказках и различных мифах.

Режиссером выступил Джордж Миллер, получивший мировую известность благодаря созданию франшизы «Безумный Макс», два фильма которой — «Безумный Макс 2» и «Безумный Макс: дорога ярости» — были признаны величайшими боевиками всех времен.

Идею снять фильм, основанный на рассказе А. С. Байатт, режиссер вынашивал несколько лет. В 2000-х он планировал написать сценарий вместе с Ником Энрайтом, известным по работе в картине «Масло Лоренцо», за которую был номинирован на премию «Оскар». Однако сценарий так и не был написан, потому что Энрайт скончался от рака в 2003 году. После этого производство проекта было отложено на долгий срок.

В 2018 году Миллер вернулся к разработке фильма. Соавтором сценария стала его собственная дочь Августа Гор, которая также является крестницей покойного Ника Энрайта (именно ей он доверил работу над сценарием перед своей смертью).

Главную роль в мелодраме сыграла обладательница премии «Оскар» в номинации «Лучшая женская роль второго плана» Тильда Суинтон, получившая награду за съемки в фильме «Майкл Клейтон». Актриса получила широкую известность благодаря работе в картинах «Французский вестник. Приложение к газете «Либерти. Канзас ивнинг сан», «Доктор Стрэндж», «Загадочная история Бенджамина Баттона», «Пляж» и др. В картине актриса появилась в образе ученого Алитеи Бинни.

Образ джинна на экране воплотил звезда сериалов «Прослушка» и «Лютер» Идрис Эльба, который также запомнился зрителям по роли Хеймдалла в серии фильмов «Тор» и супергеройском боевике «Мстители: Война бесконечности».

Оператором ленты стал австралийский кинематографист Джон Сил, который в 1996 году был удостоен премии «Оскар» в номинации «Лучшая операторская работа» за картину «Английский пациент». Сил снял многие коммерчески успешные фильмы, среди которых «Гарри Поттер и философский камень», «Человек дождя», «Идеальный шторм», «Принц Персии: Пески времени» и «Турист».

«Три тысячи лет желаний» — вторая совместная работа Джона Сила и Джорджа Миллера после апокалиптического триллера «Безумный Макс: Дорога ярости». Для съемок этих фильмов оператор вернулся в кинематограф, хотя завершил свою карьеру еще в 2010 году.

Музыку к фильму написал нидерландский музыкант и композитор Анатолий «Том» Холкенборг, наиболее известный под творческим псевдонимом Junkie XL. Музыкант также ранее сотрудничал с Миллером во время разработки боевика «Безумный макс: Дорога ярости». Композитор написал музыкальное сопровождение к кинолентам «Армия мертвецов», «Лига справедливости Зака Снайдера», «Темная башня», «Алита: Боевой ангел», «Новый Человек-паук: Высокое напряжение».

Съемки проходили в Сиднее (штат Новый Южный Уэльс, Австралия), Стамбуле (Турция) и Лондоне (Англия, Великобритания). Cъемки начались в ноябре 2020 года.

Мировая премьера состоялась 20 мая 2022 года на Международном каннском кинофестивале, где картина получила положительные отзывы критиков и 6-минутные овации. Картина также была представлена на Иерусалимском кинофестивале и на Кинофестивале в Таоюане.